Obiskali smo ljubljansko izpostavo Nacionalnega laboratorija za zdravje, okolje in hrano in v praksi preverili, kako poteka ugotavljanje novega koronavirusa po metodi PCR.
V javnosti ta hip kroži nemalo vprašanj o metodi PCR, ki velja za zlati standard pri ugotavljanju okužbe z novim koronavirusom. Manj pa je znano, da bo metoda kmalu dopolnila 40 let in da je bila zanjo podeljena tudi Nobelova nagrada, ob čemer je na številnih področjih sprožila pravo revolucijo: od diagnostike v medicini in biotehnologije do forenzike, celo Hollywood se je s pridom oprl nanjo pri snovanju filmov, kakršen je Jurski park. Ta hip najzanesljivejši način dokazovanja virusa nam je opisala virologinja Katarina Prosenc Trilar iz oddelka za javnozdravstveno virologijo v Nacionalnem laboratoriju za zdravje, okolje in hrano.
V delu celotne analize, v katerem uporabijo metodo PCR, vzorec izpostavijo nihanju temperature, da lahko steče verižna reakcija s polimerazo. Vzorec gre skozi 40–45 ciklov, ena sama naprava pri njih lahko hkrati testira po 70 vzorcev. Vsak cikel traja le nekaj minut, v približno uri lahko teoretično ustvarijo milijone kopij nekega DNK-niza. Na tak način dobijo skopiranih ogromno enot ujetega dednega gradiva. Toda, zakaj je to potrebno?
"Zelo težko detektiramo samo nekaj kopij, zaradi vizualizacije potrebujemo ta namnožek. Sonde, ki jih uporabljamo pri metodi PCR, imajo vezano tudi barvilo. Če se vežejo, fluorescirajo in to zazna naša naprava za PCR."
Dvomi javnosti
Nekaj manj kot 1200 ljudi je ta teden podpisalo peticijo, češ da zahteva od stroke, naj pove resnico o testih PCR. Očitajo nerelevantnost testov in tega, da z njimi naj ne bi mogli dokazati prav tega koronavirusa. Javnost begata tudi izraza 'lažno pozitiven' in 'lažno negativen' izvid testa.
"Ta izjava o lažno pozitivnih izvidih testa je malo nerodna. S testom PCR lahko zaznaš zelo majhno količino virusa. Še tedne po preboleli bolezni lahko zaznaš delčke genoma. Treba je znati intepretirati, če zaznaš zelo majhne količine virusa, je samo ena možnost, in sicer da si virus že prebolel. Redki ljudje pridejo tako zgodaj, da bi se iz te majhne količine razvila bolezen." – Miha Skvarč, zdravnik in specialist klinične mikrobiologije
Delovanje Nacionalnega laboratorija in Inštituta
"Laboratoriji ta hip po državi delajo v okrepljenih sestavih, z močno razvlečenimi delovniki," je prejšnji teden na vladni konferenci poudaril predstojnik Inštituta za mikrobiologijo in imunologijo v Ljubljani Miroslav Petrovec.
"Iz prve roke lahko povem, da se je naš delovnik podaljšal iz 7. ure zjutraj do 18. ure zvečer na 6.30 zjutraj do poznih nočnih ur, pri čemer ne poznamo prave meje."
Ob inštitutu je druga osrednja ustanova pri analizi brisov Nacionalni laboratorij za zdravje, okolje in hrano s sedežem v Mariboru, enote pa imajo po vsej Sloveniji. Direktorica Nacionalnega laboratorija Tjaša Žohar Čretnik pove, da je bil njihov maksimum v preteklih dnevih 3960 vzorcev.
"Ocenjujemo, da je približno 4000 vzorcev naš trenutni maksimum. To je zelo veliko povečanje obsega testiranja, če vemo, da smo lani v celem letu opravili 8000 takšnih preiskav. To pomeni, da zdaj v dveh dneh naredimo toliko tovrstnih preiskav kot prej v celem letu."
V ta namen so dodatno zaposlili več kot 20 novih sodelavcev, načrtujejo dodatne transportne poti za hitrejšo dostavo vzorcev, stekla je obširnejša digitalizacija procesa. Kaj, če se bodo potrebe še povečevale? Prav zaradi tega se zadnje čase več govori o vzporednih antigenskih testih, ki jih je na trgu še vedno razmeroma malo. Ob ustreznem znanju strokovnega osebja ob njihovi uporabi in dobri klinični validaciji bi lahko pomagali zlasti pri hitrejši klinični diagnostiki, ko pomoč na urgenci poiščejo hudo bolni.
"Hitri antigenski testi so že na voljo v Sloveniji. Delovna skupina pri Ministrstvu za zdravje je izdelala smernice za uporabo antigenskih testov, v stroki pa vemo, da je treba biti tu zelo previden, ker so analitske sposobnosti teh testov praviloma slabše, kot jih navajajo proizvajalci. Za urgentno uporabo je ameriška FDA postavila kriterij, da mora biti skladnost med testom PCR in antigenskim testom vsaj 80-odstotna – to se nam zdi veliko. Zato je treba dodatno pretehtati takšne teste in jih uporabljati pri tisti populaciji, pri kateri mislimo, da je njihova uporaba varna." – Tjaša Žohar Čretnik
Razlikovanje med testi
Tudi pri antigenskih testih je potreben bris nosno-žrelnega predela, le da so takšni testi veliko hitrejši, rezultat je lahko na voljo že v 15 minutah. A hitrost gre na račun zanesljivosti, verjetnosti, da tak test ne bo prepoznal navzočnosti virusa, da bo torej njegov izvid lažno negativen, je precej višja kot pri metodi PCR. Test se najbolj obnese pri bolnikih, ki zelo očitno kažejo znake okužbe in razvijejo velike količine virusa. So tudi precej ugodnejši od testov PCR. In nazadnje so tu še serološki testi oziroma testi na protitelesa, ki potekajo z odvzemom krvi. Toda takšni testi niso uporabni v akutni stopnji bolezni, temveč šele več dni po pojavu simptomov, zato so z vidika hitre detekcije okužb neuporabni. Test na protitelesa nam predvsem pove, ali smo v preteklosti preboleli covid, tudi če morda ne bi imeli jasnih simptomov.
Sredi meseca so slovenske bolnišnice dobile navodila glede uporabe antigenskih testov, velika večina hitre antigenske teste že preizkuša.
Sogovornico v oddaji mag. Katarino Prosenc Trilar (NLZOH) smo prosili tudi za pisno pojasnilo v zvezi z očitki, ki so jih v javnosti deležni testi, tudi v nedavni peticiji. Poslala nam je tale odgovor:
